刑部大理寺都察院共同审理案件叫做三司会审，民间又称为三堂会审，一般用来审理重大疑难案件，这次审问的是因私刻改编《邸报》而落马的众多高官。
这次事件涉及官员之多，影响之大，都快赶上明世宗时期的大礼议事件了。拿下的从五品的官员有两个，一个是大理寺少卿左光斗，另一个是礼部员外郎顾大章；正七品官员五个，分别是兵科都给事中杨涟户科都给事中魏大中吏科都给事中周朝瑞两个监察御史——袁化中和黄尊素。
不过，天启皇帝的聪明之处在于他运用司法手段，利用三司会审来定案，让文官没有办法信口雌黄；而明世宗嘉靖皇帝则运用皇权，威压百官，导致文官以受罚挨打为荣，据有一位官员的夫人还很细心地把丈夫被打下来的肉收集起来，做成腌肉，逢年过节就拿出来显摆。
《东林风声》因为诘屈謷牙的文风，颇受某些道学先生的欢迎，现在成了烫手的山药，大家纷纷把家里收藏的《东林风声》销毁。那些曾经在《东林风声》上发表过文章的官员更是惶惶不可终日，直到皇上为此案定调，“首恶必办，协从不问”，大家这才放下心来。
左光斗顾大章杨涟魏大中周朝瑞袁化中黄尊素七人倒真是七条汉子，把罪名全部担了下来，没有牵扯别人。三堂会审的结果，七人罪名全部成立，左光斗杨涟为首犯，秋后处决；顾大章魏大中周朝瑞袁化中四人为从犯，罪减一等，流放三千里；黄尊素欺君谤上，流放三千里。
朱诚劝道：“皇上，这些东林党人虽然触犯国法，但毕竟为恶不深，不如减刑一等，以示皇上的慈悲与宽宏大量啊。”
经过几天的冷静，天启皇帝的气也消了不少，于是法外开恩，左光斗杨涟流放，顾大章魏大中周朝瑞袁化中黄尊素撤职，永不叙用，并削去功名，严禁从事文化教育工作——也就是，即便回到故乡，他们也不能去东林书院讲学和参加书院组织的大活动。
东林党人见皇上仁慈，不但没有感激，反而起了生命不止斗争不息的雄心壮志。
在送别左光斗的饯行宴上，左光斗道：“诸公，我离开京城后，皇上那边就全赖诸位照顾了。”
叶向高哽咽着道：“左公，你放心，我一定会让皇上回心转意，把你们重新请回朝廷。”
“回不回朝廷没关系，但首先要把皇上身边的奸佞人清除干净。”
“奸佞人，你指的是朱诚吗？”
“朱诚当然是奸佞人，不过他跟在朱由检的身边，我们很难抓到他的把柄，而且他奸滑异常，如果弹劾不成，反而容易把自己赔进去。高攀龙先生不就是死劾朱诚，结果事败身死吗？唉，现在高先生的坟头恐怕已经长满了青青的野草，空余碧血照丹青啊。目前，对我们威胁最大的是司礼监秉笔太监魏忠贤。”
“哦，为什么？”
“魏忠贤是天启皇帝的左膀右臂，有了魏忠贤，皇上就不需要我们这些东林党人。杀了魏忠贤就等于斩断了皇上的手臂，他就会发现，离开东林党，大明的朝廷运转不灵，于是朝政又会重新回到我们手上。”
“魏忠贤好像没犯什么错呀？”
“魏忠贤是阉人，阉人就是一大罪状，俗话得好，阉人无罪也该杀。再则，你们有没有发现，魏忠贤的黑手已经伸到了朝堂上了。崔呈秀李春烨顾秉谦已经和他结成了死党，他们就是阉党。还有，魏忠贤非常聪明，每一招都打在我们的软肋上，让我们疲于应付。假以时日，魏忠贤执掌大权，我辈将死无葬身之地。”
叶向高恍然大悟，道：“难怪这些时日，我总觉得诸事不顺，原来是魏忠贤在后面捣鬼呀。你放心，这件事交给我们，我们一定会把魏忠贤整倒批臭。”
“千万别掉以轻心，重蹈谢迁的覆辙啊。”
当年明武宗正德皇帝在位时，刘健李东阳谢迁三人弹劾司礼监秉笔太监刘瑾，正德皇帝被逼无奈，想丢卒保帅，牺牲刘瑾。时间太晚，正德皇帝明天再议此事，大臣们见胜券在握，便同意了。当天晚上，刘瑾痛哭流涕，正德皇帝心一软，结果，弹劾无效，刘健谢迁也因此致仕。
“左公放心，我们不见到魏忠贤的人头绝不罢休。”
杨涟从怀里掏出一张纸，道：“这是我在狱中写成的弹劾魏阉二十四大罪状的奏章，现在我被流放，这奏章不能署我的名字，你们谁有胆子接下来？”
文选司员外郎周顺昌接过奏章，道：“我敢！”
周顺昌拿起奏章就看，看着看着，他一捂鼻子，问道：“杨大人，这什么味儿呀，臭死人了。”
杨涟有尴尬地道：“不好意思啊，我当时以为必死，怕奏章被人搜去，所以藏在靴底。我又是大臭脚，奏章难免沾到脚臭味。唉，这又是阉党造的孽啊。”
估计魏忠贤听到了这话要悲愤地大喊，杨大臭脚，你的臭脚关我什么事？
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左光斗离开京城的第二天，东林党对魏忠贤展开了猛烈的攻击。
朝会开始，群臣山呼万岁之后，周顺昌出班跪倒，铿锵有力地启奏道：“臣周顺昌弹劾魏忠贤二十四条大罪！”
天启皇帝一阵错愕，半晌后道：“你把奏章递上来吧。”
魏忠贤走下玉阶去接奏章，周顺昌一把将魏忠贤推倒，展开奏章大声念了起来：“高皇帝定令，内官不许干预外事，只供掖廷洒扫，违者法无赦。圣明在御，乃有肆无忌惮，浊乱朝常，如东厂太监魏忠贤者。敢列其罪状，为陛下言之……”
奏章很长，其中所列的二十四条大罪大致如下：侵夺内阁拟旨的大权。大罪一；剪除顾命大臣刘一燝周嘉谟，大罪二；曲意维护李选侍，大罪三；不容朝廷时有正色之直臣，大罪四；把持内阁，大罪五；玩弄权术，大罪六；肆意刁难获罪臣子，大罪七；杀赵选侍，大罪八；杀裕妃，大罪九；皇后流产，传闻是魏忠贤与客氏的阴谋。大罪十；杀王安及其他内监，大罪十一；逾制僭越，修建祖坟，大罪十二；滥封亲眷，大罪十三。诬陷国戚，动摇中宫，大罪十四；逼死开矿乡绅，大罪十五；掠夺士绅田产，大罪十六；擅停大臣升迁，大罪十七；罢免北镇抚司刘侨，大罪十八；擅改旨意，朝令夕改，大罪十九；提督东厂，假公济私，大罪二十；玩忽职守，致奸细入京，大罪二十一；在京西皇庄擅养私兵，大罪二十二；出行逾制，大罪二十三；陛下处罚魏忠贤时，他不认罪，反而颇有怨言，大罪二十四。
魏忠贤猝不及防，摔得好生厉害，半天爬不起来。李永贞慌忙跟下来，搀扶魏忠贤。
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