在美国一艘游轮内，一家名叫B-基因公司的非法企业收购了日本商人的机密商品。他们的目的就是改造这一商品的基因，创造一个堪比哥斯拉的巨兽——基多拉。
“一共买了五只多拉多，对方还送了一只防损。六只多拉多全部存活，理论上我们可以得到两只王者基多拉。”企业的科研团队代表向企业的管理员申请了创造两只基多拉的计划。
借助强辐射，成功创造两只曾经的哥斯拉强敌，王者基多拉。
一个月后，管理层派人过来查看王者基多拉的情况。
“为什么这么大？比1991年的那只大了不止一点两点。”一名企业高层惊愕的看着面前巨大的王者基多拉，这个巨大的王者基多拉足足超过了200米。
“我的天啊，这个家伙比我见过的任何一种巨型飞行物体还要巨大。“另外一名高层震撼道：“这已经不是王者基多拉了，他完全应该叫魔神！“
科研团队说道：“借助新的技术，我们创造了体长210米，重18万吨的巨人。除此之外，还有一只基多拉，他比这只更加完美，体长达到了250米，重21万吨，比哥斯拉大了一倍都不只。”
听到这个数字，来访的管理人员已经目瞪口呆，没有人会相信这样的话，或者说，这样的事实。
“请随我来。”科研人员笑着指引在场人员去往另一个实验室基地。
“他甚至是白色的，角的尖端则是明显的紫红色。这完全不是基多拉该有的颜色，“黄金的终焉”该改叫“白色的终焉”了。”在场人员又一次被震惊到。
“白色的终焉，他就是真正的王者！“来访的高层激动的说道，“你们怎么让基多拉变成白色的？”
“实际上不是刻意的，多拉多本来就是人类通过基因编辑得到的动物，他的色素基因本就是简单地被植入的，所以很容易被破坏。与此同时，这只白色的王者基多拉有一个响亮的名字——暴虐。”来访的科学家笑呵呵的解释。
“暴虐，这是什么样的称呼？“来访的高层惊讶的问道，不知道白色基多拉竟然是如此霸气的一个词汇。
“暴虐的形象就是，它拥有无比强烈的破坏欲望，它不允许自己的领土遭到侵犯，而且，暴虐有很强的报复心理。“
“另外一只基多拉也有名字吗？”
“当然，另外一只叫做雷克斯。”
“如此大的巨兽，你们怎么控制住他们的？”
“在他们体型不构成威胁时，我们刻意地对他们进行训练，保证他们不会攻击我们。当然我们也会每天购买大量的镇静剂和麻醉药，减少他们的活动。”
之后，管理人员向企业的总管上交了调查报告。总管科尔森·卡特利夫看到调查报告，满是疑惑，虽然激动，但是这样浮夸的数据，他实在不敢相信。他仔细地阅读了调查报告，最后，他惊骇的发现这份调查报告中有百分之八十是真实的，而在虚假之中还有百分之四十的报告是根据报告的真实性，而进行合理的伪造的。
虽然不是完全正确，但是他实在感叹于实验的成功，立刻开车去到实验基地，一探王者的风范。
“你好，我来这边检查你们的工作。“科尔森·卡特利夫在实验基地门口停车。
“科尔森先生您好，欢迎光临。“
科尔森走进实验基地。
“你们在干嘛呢？“科尔森走进实验基地的内部大厅。
“科尔森先生，我们正在对基多拉进行检测。“一个人站起身来，恭敬地回答道。
“嗯！“科尔森点头道，“把检测报告给我看看。“
“是，是。“一个人将手上拿着的报告递给科尔森。
科尔森接过报告，快速的浏览起来。越看，他越兴奋；越看，他越感觉自己的脑袋要爆炸了。
“快让我看看两只王者基多拉的王者姿态。”
说罢，科研人员就带着科尔森来到了王者基多拉的生活区。
“那只白色的基多拉为什么一动不动？”科尔森问道。
“今天他太过兴奋，为了防止他造成破坏，我们不得不注射大量的麻醉药，现在他已经被麻醉了，基本上可以睡上两天。”
“你确定这两只基多拉在这里安全吗？总有一天他们会突破这里的防护，跑到外界。”
“放心吧，还有一周，他们就完全成年了，按照您的意思，我们会将这两只基多拉售卖给日本对G组织部队中心。另外，这只基多拉一时间是不会清醒的，您甚至可以近距离接触他，我们已经把防护网关了。”
科尔森缓慢地向王者基多拉走去，双手微微触碰了一下王者基多拉巨大的翅膀，在确定对方没有危险后，走向了基多拉左侧的一个头。
又触摸了一次，对他的警戒心完全放下了。
科尔森大笑起来，结果下一秒，那个头颅一瞬间便将科尔森咬死。右侧的头紧接着放出引力光线，杀死了陪同的科研人员。
监控区的人一下子被吓破了胆，猛然放下防护网。然而并没有什么用，基多拉轻松毁掉了所有的防护机智。从头到尾，基多拉根本就没有被这所谓的防护措施影响，他只是在等待这样一个时机，杀死科尔森。
实验基地的其他人，眼睁睁地看着基多拉飞向远方。
与此同时，几个清醒的人把所有的麻醉药全部注射到那个叫做雷克斯的基多拉体内，祈求那只基多拉死去。
暴虐一路上见啥拆啥，一路飞往波士顿。
波士顿的某处，一处民居中，一名青年正在吃早餐。
“这是一份报纸，你看了没？“旁边一位中年男人说道。
“嗯，看到了，这些记者真是没事找事。“青年撇嘴说道。
“这些记者，就是喜欢捕风捉影，乱说话。“
然而霎时间，风暴席卷波士顿，广播还未来得及播放紧急通知，一声尖锐刺耳的叫声宣告了王者基多拉的降临。
基多拉的三个头颅彼此放出引力光线，摧毁着波士顿的各种建筑，丝毫没有犹豫。
波士顿市民，在一阵惨叫声中被毁灭，而他们的尸体还在不断地被摧残，直至完全化作灰烬消散于空气中。
“啊~~！“一声凄厉的惨叫声响彻整片天际。
强烈的巨兽信号，让太平洋的哥斯拉感受到自己的领地又一次被侵犯，不出所料，他也来到了波士顿。然而110米8万吨的体型根本不够王者基多拉认真看的。王者基多拉一把咬住哥斯拉，飞到半空，重重地把哥斯拉摔在地上。这只叫做“终战”的怪兽之王哥斯拉，现在根本什么也不是。
在德克萨斯州的另一边，杰森来这里宣扬自己的观点，却被这突如其来的基多拉打断。他和之前那个爆炸了的核电站非常近，由于核电站之前用于处理G细胞，杰森也就去那里考察了一下。遍地是G细胞发育而来的肿瘤，无不坚硬无比。然而，他却注意到有切割的痕迹。
询问了当地的一些人后，他得知B-基因公司之前专门来过这里，采集G细胞肿瘤，而理由是科研。克林顿和杰森一致认为，他们的目的不会这么单纯，种种证据都表明，他们使用G细胞创造了巨大的王者基多拉。
随后，两人指控了这一公司。调查人员在B-基因公司的机密文件中，确定了这一事实，并查封了另外的那只基多拉。
12小时后，波士顿战场，哥斯拉已经伤痕累累，王者基多拉却依旧不断地破坏着建筑。
此刻，人类的战斗机完全成为了基多拉的靶子，虽然知道不可能阻拦基多拉，却又不得不去阻拦他。
“那只基多拉貌似还有其他生物的基因。”克林顿和杰森在远程直播的战况中得出一致的结论。“他很可能和鸟类一样，有中空的骨骼。而且他和蜥蜴类似，没有生长上限。”克林顿向军方提出自己的观点。
“我们可以做什么？”
“我不知道，除非以其人之道，还治其人之身。”
“什么？”
“不是还有一只基多拉吗？现在只能让他们自相残杀！”
经过激烈的讨论，军方最终被迫在二者之间作出选择：要么赌一把，要么看着波士顿被毁。
很快，装着另一只基多拉的巨箱被运到了波士顿。暴虐看见这个箱子，当即放出引力光线，直接让箱子破废。里面的基多拉从麻醉剂中惊醒，立刻反击。
两只基多拉，立刻开始了厮杀。
暴虐的引力光线打向雷克斯，却被雷克斯闪过。雷克斯趁机放出引力光线，打中暴虐，直接让暴虐摔倒。
暴虐见光线被对方躲过，转光线为近战。飞到雷克斯一旁，用尖牙咬住雷克斯的脖子。
伴随着骨头碎裂的声音传入众人的耳朵，雷克斯的脖颈竟然被暴虐咬断了。左侧的脖子流出血液，很快那个头就失去意识。中间和右侧的头使劲躲避暴虐的攻击。但还是抵挡不了暴虐的冲击，一下子倒在地上，没有了气息。
这个时候，暴虐的三张巨口同时喷吐出引力光线，把雷克斯右侧的头杀死。就当暴虐即将终结雷克斯时，哥斯拉醒来，一发燃烧螺旋热线打中暴虐中间的头颅。暴虐被这股高温烧得连连后退，雷克斯也趁机逃脱。
暴虐又一次向哥斯拉飞去，雷克斯偷袭暴虐，反咬了暴虐的尾巴。暴虐的重力控制能力顿时失去作用，掉落地面，。
雷克斯也跟着掉落地面，趁机扑倒暴虐的腹部，狠狠地撞击。哥斯拉见机补刀，燃烧热线切下暴虐右侧的头。
雷克斯的伤口现在已经愈合，如果在右侧头颅没有再生时咬下另外两个头，暴虐就会死去。
但是暴虐并没有给雷克斯机会，一把弹开雷克斯，右侧头颅恢复。
哥斯拉的燃烧热线又一次打向暴虐，这一次暴虐暂时失去飞行能力，雷克斯又抓住机会，飞到暴虐一旁，放出引力光线。暴虐再一次躲开，但是有挨了一发燃烧热线。燃烧热线切进他的皮肤中，贯穿基多拉的身体。
暴虐没有立即死亡，G细胞逐渐发挥作用，伤口开始恢复。雷克斯撞了上去，用脖子死死缠住对方，发出最后的嘶吼声。
突然，一颗深黑色的球从宇宙撞向两只基多拉。两只基多拉被球吞噬，美军又一次震惊。
此时，国际反G组织代表联系了美国军方，表示这是最先进的武器。2001年研制的黑洞发射卫星，原计划用于消灭哥斯拉，现在选择消灭了一个更大的威胁。不过现在，最后的底牌已经用掉了，美方需要赔偿大量的资金。
两只基多拉消失，遍体鳞伤的哥斯拉转身回到海洋。这一次，波士顿几乎全部被毁，需要多年重建，人们又一次开始了调息。
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