上次同基多拉大战，哥斯拉受重伤，一直保持在海底修养，国际对G组织在近两年的时间里，从未发现过哥斯拉的踪迹。
另一边，由于B-基因公司的非法行为，美军已经封锁了这家公司，并和警方联手调查此公司的相关信息。除此之外，还有消息称，其公司创始人科尔森并没有死，而且很有可能依旧在进行怪兽基因编辑实验。
在德克萨斯州，哥斯拉的肿瘤细胞又一次让美国陷入困境。基多拉的出现，代表了这一机密向国际公开了，再加上这些细胞处理起来非常之困难，美国现在已经步入了财政赤字。
此刻的日本，借着美国的危机，步步抓取国际领导权力，不断壮大国际对G组织。既然黑洞发射器的确有效，那么日本就不会轻易放弃这一消灭哥斯拉的武器。
一个月后，日本刻意使用核辐射吸引哥斯拉，终于，哥斯拉出现在了日本，日本第一次进行了对于哥斯拉的活体怪兽试验。怪兽试验的目的只有一个，那就是杀掉哥斯拉。
日本用出国际对G组织的最后战斗机，轰天号来吸引哥斯拉的注意力，一步一步地把哥斯拉引向埋伏区。
然而，一场突如其来的地震直接打断了计划。
“昨天仪器分析的，今天根本没有地震这种事情，这又是什么情况？”
“仪器坏了，这样的事情发生，只能说运气不好，不过还有机会，君子报仇，十年不晚。”
最后，哥斯拉返回深海，日本的计划落空，且受到反G组织的嘲讽。
科研人员开始查询地震的来源，最后得出一个结论：“地底下还有一只怪兽。”
日本政府此刻开始学习美国隐瞒怪兽的出现，他们不需要其他人的援助，唯有独自处理怪兽，才可以赢得更高的国际地位。
在这段时间里，地震连续不断，严重影响了日本人民的日常生活，逐渐有了传闻称日本对人民的利益不管不顾。这种流言越来越盛，最后甚至传言日本政府将要对普通民众采取强硬措施。
这种情形持续了很久，直到有一天，在日本东京某个大厦的天台，发现了一个怪兽。
“那个家伙终究还是出来了，那个被我们命名为安基拉斯的地底怪兽！只可惜，我们已经做足了准备，享受枪林弹雨的爆破感吧，杂种生物！”
一时间，数架轰天号战斗机发出无数炮弹，打在安基拉斯身上，不过和哥斯拉一样，这些炮弹并没有造成实际伤害，反而激怒了安基拉斯。
安基拉斯发动攻击，疯狂的撞击着轰天号战斗机的主装甲，疯狂地撕咬着轰天号的主装甲，并不停地往前爬去。
与此同时，哥斯拉来到东京。
“早就料到了，又是两只怪兽一决胜负的大战。”
“你确定吗？哥斯拉似乎没有表现出攻击性。眼前，哥斯拉和安基拉斯相遇，却不像是要开打，反而像是在交流。”
“他们是共生关系，简直不可思议。”克林顿说道。
很快，两只怪兽达成共识，大量建筑被无情摧毁。最后，哥斯拉回到深海，安基拉斯则继续在地下创造地震。
此事之后，日本的威望已经跌落到谷底了，俄罗斯在对G组织的会议中一一枚举了日本的过失，日本的主导权逐渐不保。
一波未平一波又起，一只浑身黑色的类似淤泥的怪兽登陆日本东京，开始了破坏。日本命名他为黑多拉，一只可以腐蚀建筑的怪兽。这一次日本没有犹豫，请求海外的国家派遣兵力帮助他，俄罗斯、英国、西班牙等国家纷纷应允。
在几大国的攻击下，黑多拉在日本的破坏更加猛烈了，一时间，日本损失惨重，民众人心惶惶，一个个逃窜到了避难所，却又不知道避难所是否安全。
卫星发来的信息表示，黑多拉在接近安基拉斯。看起来又和上次一样，两只怪兽合作破坏城市。
此时，哥斯拉也携带着数百米的海啸上岸，一路追随黑多拉。
在一座大桥上，哥斯拉和黑多拉碰面。同时，安基拉斯也朝着哥斯拉的位置赶来。
哥斯拉和黑多拉二话不说，直接开始大战。哥斯拉的尾巴狠狠地抽在黑多拉身上，把黑多拉打倒，哥斯拉又一脚踩在黑多拉的脸上，黑多拉的整个脑袋都凹陷进去了。黑多拉见状，立刻用光线攻击哥斯拉的眼睛，顺利打退了哥斯拉。
此刻，日本也没有闲着，让黑洞发射卫星对准了哥斯拉，黑洞的发射步入倒计时。
在击退哥斯拉后，黑多拉乘胜追击，放出酸液腐蚀哥斯拉的皮肤。哥斯拉虽然有钢筋铁骨，却抵挡不住酸液的腐蚀，被酸液腐蚀的皮肤顷刻间便溃烂。哥斯拉的眼睛也受到了刺激，开始流血，哥斯拉发出一声痛苦的吼叫，它的眼睛开始失明。
危机时刻，安基拉斯赶到，分散了黑多拉的注意力。黑多拉转而向安基拉斯攻击，给了哥斯拉很好的恢复时间。黑多拉一次次向安基拉斯放出腐蚀液，安基拉斯开始大出血，伤口随着腐蚀愈加严重。
另一边，克林顿开始翻阅两只怪兽的资料。安基拉斯是安基拉龙的后代，安基拉龙和哥斯拉龙曾经是共生关系；而黑多拉，没有任何资料，基本上确定是B-基因公司的试验品。
战场上，哥斯拉恢复了视力，而安基拉斯已经遍体鳞伤。
黑多拉看见哥斯拉恢复过来，又一次对他下了手。只见得哥斯拉难以放出放射热线，黑多拉不紧不慢地用光线攻击哥斯拉的躯干。
哥斯拉受到了致命的伤害，但是，他依旧坚挺。安基拉斯趁着黑多拉忽视了自己，一头撞向黑多拉，把黑多拉撞翻。哥斯拉再次发动攻击，一记尾鞭抽在黑多拉的脸上，把黑多拉抽飞到天空，哥斯拉也摔倒在地上，身体上出现大量的窟窿。哥斯拉的伤势越来越严重，已经不能够承受更多的重量了。
摔到地上的黑多拉，重新站了起来，向安基拉斯走去，喷涌出大量的腐蚀液，彻底腐蚀掉了安基拉斯的皮肤和护甲。安基拉被腐蚀液淹没，最后消失了。
哥斯拉见状，十分愤怒，眼睛里燃起火焰，非把黑多拉杀死不可。
哥斯拉发动了攻击，黑多拉躲避不及，被哥斯拉击中了。哥斯拉的尾巴再次把黑多拉打向空中。
此刻，哥斯拉抓住黑多拉的尾巴，给黑多拉一次过肩摔，把黑多拉摔倒在地上，哥斯拉骑在黑多拉的身上，对着黑多拉发动了狂风暴雨般的攻击。虽然用不了放射热线，但是简单的撕咬，也可以对黑多拉造成有效伤害。
哥斯拉的每一击，都带着恐怖的冲击力，黑多拉的身体在哥斯拉的攻击下一次次变形。
黑多拉也不甘示弱，拼命挣扎，最终让哥斯拉从身上摔下。黑多拉从地上爬起来，继续向哥斯拉扑去。
此时此刻，日本东京上演了一幕惨剧：黑多拉不断攻击哥斯拉，哥斯拉也拼命地攻击黑多拉，日本的房屋在它们的撞击之下倒塌。黑多拉和哥斯拉的战斗越演越烈，两只怪兽都受到不小的伤害。
然而，哥斯拉的伤势愈合很慢，哥斯拉的眼睛也在逐渐失明。虽然，此时哥斯拉正在努力恢复，但是哥斯拉的体内已经出现了大量的毒素，这些毒素正在麻痹哥斯拉。黑多拉见状，继续对哥斯拉展开攻击，哥斯拉的伤势愈加严重。
这时候，哥斯拉的身体忽然开始变红，周围的温度极速上升。黑多拉察觉到了异常。
“哥斯拉要开启红莲了！”对G组织警告日本。
此刻，日本并没有胆怯，只要黑洞成功发射，就是红莲哥斯拉也不可能挡得住。
黑多拉和哥斯拉再一次大战了一番，结果还是没有分出胜负。随后哥斯拉的背鳍出现熔化的迹象，已经步入了红莲形态。哥斯拉的眼睛在这时已经变成了猩红色，一发接一发的无限热线打在黑多拉身上。
黑多拉感觉到自己的躯体在快速溶解，黑多拉感觉到了绝望。每一发热线都是致命的，让黑多拉的组织四分五裂。
黑多拉想逃离这里，但是，哥斯拉已经没有给黑多拉留后路了。最后一发放射热线打中了黑多拉的要害，黑多拉瞬间爆开，血肉纷飞。
最后关头，黑洞发射卫星放出人造黑洞。哥斯拉看见黑洞，聚集体内的能量，放出威力巨大的热线，后人将这热线命名为超红莲G无限热线，以示对怪兽之王的致敬。热线和黑洞相撞，爆发出毁灭性的火光，将周围的建筑物全部摧毁，大片的区域被火光笼罩，巨大的海啸同极强的地震随着撞击到来，整座城市在这场灾难中被彻底毁灭。
爆炸过后，日本已然成为废墟，其影响甚至波及到了中国、韩国的部分地区，废墟之中。一只怪兽钻出地表，他不是哥斯拉，而是安基拉斯。安基拉斯发出哀嚎，纪念自己的好友，曾经的怪兽之王。
事后，无数追随哥斯拉的人来到日本，高呼着“吾王万岁，怪兽之王万岁！”
克林顿看着这场废墟，并没有找到哥斯拉的遗体，问道：
“一代枭雄，终战哥斯拉真的消失了吗？”
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